本品每周应用3次，于睡前外用，药物在皮肤上保留时间为6-10小时，然后用肥皂或清水清洗用药部位。每周3次的使用程式是 ：星期一、星期三、星期五 ；或星期二、星期四、星期六，均于睡前使用。红斑是常见的。如果患者出现不适或严重的局部皮肤反应，应停用几天，当反应消退后再继续治疗。当出现反应时应穿透气性的衣物如 ：棉纱、棉内衣裤。给予适当剂量的治疗可以达到本品的 治疗效果。建议用药前后要洗手。本品包装在一次性使用的袋内，含有足以覆盖20 cm2的乳膏剂，应避免过量使用。指导患者如何把乳膏应用于生殖器或肛周疣的皮损上。在疣表面涂上一薄层，然后摩擦直至不再看见乳膏剂为止。用药部位不必包扎。
在临床对照实验中， 常报道的不良反应是局部皮肤和用药部位的反应 ；也有患者有全身反应。这些反应通常是轻至中度的，然而，在每周3次的治疗中也有报道出现严重不良反应的。每天1次疗法的副反应比1周3次的不良反应更多、更强烈。总的来说，在每周3次的疗法研究中，有1.2%（4/327）的患者因为局部皮肤或用药部位皮肤的反应而停止治疗。在临床对照研究试验中皮肤局部反应的发生率和严重性如下表 ：
应用5%咪喹莫特乳膏也有远部位的皮肤反应的报道，来自女性的远部位的皮肤反应为红斑（3%）、溃疡（2%）、水肿（1%） ；男性为溃烂（2%）、红斑、水肿、硬化、蜕皮各为1%，被判定为与本品很可能有关或可能有关，并且发生率在5%以上的不良事件列于下表，其中包括疼痛、类似感冒症状和肌痛等症状。
本品尚未进行治疗尿道、阴道、宫颈、直肠内的人类乳头瘤病毒感染的评估，因而不推荐用于这些情况的治疗。
一般情况
局部常可见红斑、糜烂、表面脱落及水肿。如果出现严重的局部皮肤反应，应用温和的肥皂水洗去药物，皮肤反应消退后可继续治疗。没有应用其它药物治疗生殖器和肛周疣后，立即应用本品的临床经验，因此在任何先前使用药品或外科手术治疗生殖器/肛周疣后，伤口未愈合之前，并不推荐使用本品。本品有加重皮肤炎症的可能。
给患者的讯息
应用本品的患者应注意以下的信息和说明，本品对生殖器和肛周疣传播的作用尚不知道。本品可能会损害避孕套和阴道隔膜，因此不主张同时使用。
1. 遵医嘱使用该药。仅供外用，避免接触到眼睛。
2. 治疗部位不能包扎。
3. 当皮肤上有药物时应避免性接触(生殖器、肛周、口)。
4. 建议使用本品6-10小时后，用温和肥皂或水清洗治疗部位。
5. 患者用药部位或邻近部位皮肤出现诸如红斑、糜烂、皮肤脱落及水肿等局部反应是常见的。大多数反应是轻至中度的，若出现严重的皮肤反应应立即通知给医生。
6. 未进行包皮环切的男性治疗包皮下疣时应将包皮翻起，并每天清洗。
7. 患者应了解在治疗过程中可能会有新的疣出现，因为本品并不能治愈疣。
