黑龙江农垦医院神经外科由脑科、伽玛刀治疗组、泌尿外科三个专业组组成。是以颅脑损伤、脑瘤、脑出血等手术治疗，伽玛刀治疗脑血管疾病、颅内外肿瘤、功能神经外科疾病和手术治疗泌尿疾病为主的临床科室。
   脑外科组主要开展颅脑损伤、脑瘤、脑出血等手术治疗。还开展癫痫的内、外科治疗、脑梗塞静脉溶栓治疗和介入动脉溶栓治疗、立体定向脑内核团损毁术治疗帕金森病、脑深部刺激（DBS）治疗帕金森病、微血管减压术治疗三叉神经痛及面肌痉挛、DREZ（脊神经根入髓区阻断术）手术治疗幻肢痛和脊髓损伤后肢体痛、应用显微外科技术立体定向导向切除颅内肿瘤和脑血管病的外科治疗以及神经内科等各类疾病。
   伽玛刀组应用伽玛刀治疗脑血管疾病，如颅内动静脉畸形、颅内听神经瘤、脑膜瘤、垂体瘤、颅咽管瘤、松果体区肿瘤、脑干肿瘤、胚胎瘤、脑转移瘤、脑胶质瘤等；颅外如鼻咽癌、眼黑色素瘤及其它眼、耳鼻等头颈部肿瘤；功能性神经外科疾病，如癫痫、三叉神经痛、顽固性疼痛、帕金森氏病、精神病、运动障碍性疾病等；常规开颅手术未曾切除干净的术后残留或手术后复发的肿瘤。